De Dienst Waterpolitie is verantwoordelijk voor de opsporing, toezicht en handhaving op de hoofdtransportassen, hoofdvaarwegen en de grote wateroppervlakten in Nederland. Op deze wateren houdt de Waterpolitie toezicht op zowel de beroeps- als de recreatievaart. Ook de politiezorg op de Noordzee buiten de kustlijn (territoriale wateren), valt onder de verantwoordelijkheid van de Waterpolitie.

De dienst is er voor de eerste opvang bij incidenten in de beroeps- en recreatievaart en ziet toe op een juiste naleving van de regels. Op de overige wateren in Nederland, zoals recreatieplassen, is de regionale politie verantwoordelijk voor het toezicht op de recreatievaart. Incidenteel biedt de Waterpolitie hier op verzoek van de regionale politie ondersteuning. Te denken valt hierbij aan overlast recreatiegebieden, dregwerkzaamheden of scheepsongevallen.
​